常规的rAAV纯化方式先将细胞裂解液中的rAAV用硫酸铵沉淀浓缩，再用若干轮氯化铯密度梯度离心进行纯化。这种方法费时费力，而且回收率低。有研究者采用肝素亲和层析或免疫亲和层析纯化rAAV，简便而且有效，但电镜照片显示，在纯化后的rAAV中尚含有很多AAV的空壳未能除去。
我们利用AAV能抵抗氯仿的特性，提出了一种“氯仿处理―PEG/NaCl沉淀―氯仿抽提”的三步浓缩、纯化方法(吴小兵等，待发表资料。见图3.6)。
第一步氯仿处理可以达到3个目的：
1.灭活辅助病毒，免去了热灭活的步骤;
2.裂解细胞释放出rAAV，免去了冻融的步骤;
3.大量的细胞蛋白质可变性、沉淀，很容易离心除去。
第二步PEG/NaCl沉淀对上清中rAAV的回收率>99%，并可使rAAV浓缩超过100倍。
第三步氯仿抽提可除去残留的PEG及不需要的蛋白质，同时并不损失rAAV。
采用这种方法浓缩和纯化rAAV,最终可使1013-1014 rAAV病毒颗粒溶于1mL中，纯度>90%，电镜下AAV空壳的比例很低(<1%), 病毒颗粒数/转导单位<100。
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